《黑子的篮球》故事主要围绕两位主人公——被誉为第六位“奇迹世代”的黑子哲也以及从美国归来的天才篮球选手火神大我展开，两人在球场上市光与影的搭档。相遇后的他们将挑战其他五位“奇迹世代”。
春天，诚凛高中篮球社正迎接新进社员，从美国回来的大个子火神大我，以及毕业于篮球界王者帝光中学的黑子哲也，引起主将日向和教练丽子的关注。在比赛中，火神展现出天赐的才能，而黑子的存在感则薄弱到没有人注意到他的存在，但其实黑子就是利用自己的稀薄的存在感，传出看不见的传球，他就是帝光中学「奇迹的世代」中幻之第六人！
黑子与火神认同了彼此的实力，黑子说要成为火神的影子，让诚凛成为日本第一。相较于进入篮球名校的「奇迹的世代」其他成员，黑子选择去年才成立的诚凛高中，有他自己的原因。同时间，诚凛确定要与「奇迹的世代」成员现就读于海常高中的黄濑凉太进行练习比赛，等不及比赛的火神找上黄濑一对一斗牛，却被黄濑轻易打败。
诚凛与海常的练习赛开打前，海常教练夸口练习赛只是轻微调整状态，并保留王牌黄濑不上场，这可惹怒了诚凛全队，火神还把球框灌爆。看过一次就能完美再现球技的天才黄濑上场后，马上模仿了火神的灌篮，火神也随即回敬一球，因此，比赛从一开始就成了一场得分大战。在暂停时间里，黑子和黄濑都向自己的队友提出了对方的弱点。
