《黑客狙击手》描写的是未来世界人类科研工作又有了新的突破，邪恶分子却要窃取这些科研成果以实现他们控制世界的目的，由于他们的阴谋破坏而引发了一系列网络危机。故事中有三位机智的少年，他们是M中学电子活动小组的三大电脑高手，他们挺身而出，与邪恶展开一系列机智的斗争。本片融合了侦探、科幻、友谊、亲情等多种科幻题材的元素。
S城的鲁博士研究出一项有关能源的重大发明，不料这项机密被人窃听。黑暗破坏王得知后，立即命令隐藏在S城的黑组织不惜一切代价劫持鲁博士。鲁鲁是鲁博士的儿子，他与好朋友高杰、嘉嘉都是电脑高手。为参加学校的编程大赛，鲁鲁忙得不亦乐乎，哪想到一场不幸即将落在他身上。
深夜回家的鲁鲁发现楼下的一些异常，但未留心，到家中发现妈妈昏到在门厅，而爸爸失踪，大惊之下急忙报警。鲁博士的失踪震动了S城领导层。警方立即对各交通要道实施全面监控，海、军也奉命参与封锁，但并无成效。探案高手陈探长与女助手电子专家方警官未能在现场找到任何线索。如此精心策划的劫持行动，令陈探长感到对手非同一般。
警方发现了可疑的面包车，立即全力追击。劫持者凶猛闯过封锁路障，并在山区公路施展瞒天过海之计骗过了警方，最后利用先进的飞艇将鲁博士劫持到一处无名海岛。海岛上隐藏着黑暗帝国的总部---帝国之宫。黑暗破坏王欣喜若狂，命令助手Y博士准备掏出鲁博士的秘密。高杰、嘉嘉不放心鲁鲁，陪他回家，鲁鲁意外地发现爸爸留给他的短信。
