2014年,东京。平凡的高中生.夏目晓有天遇上交通事故。当他再度睁开眼睛时,已身处于2030年东京湾里一个走私组织的船上,而且还变成只剩下大脑的状态。就在晓陷入慌乱之际,他与警察上园美波、仿生人阿尔玛一同遭受觊觎神秘武器“EX-ARM”的敌人袭击,陷入空前危机。
晓在士牙几近强迫之下不得不加入警视厅EX-ARM对策课,正当他感到困惑之际,都内接连发生自爆恐怖攻击事件,于是他也跟着一同探究事件原因。调查爆破恐攻现场时,在附近遇到一个名叫小春的少女,没想到小春竟也快要变成恐攻的牺牲品。晓于是与对策课成员们联手一同搜查恐攻事件的幕后黑手。
包含晓在内的对策课一行人,为了回收流亡至日本的穆瓦济共和国前总统杰森.莫兰所持有的EX-ARM,前往位处经济特区内的莫兰宅邸。然而莫兰的仿生人.艾尔米菈却开着双足战车出现,使用应是EX-ARM性能的能力阻挡在它们眼前。面对艾尔米菈能使目标消失的攻击,对策课毫无反击之力,晓也不知该如何与她战斗,就在这时,士牙安排的追加装备抵达了战场。