相传在恐龙消失之后，宇宙空间中遗留了八大恐龙空间，龙源纪是继斗龙世界、星龙圣域、以及古烈山之后，科学家发现的第四大恐龙空间，也就是恐龙起源地之一。然而几百年前龙源纪迎来一场浩劫，一道不为人知的指令藏在龙脉山峰，黑暗力量就此蔓延。人类的世界惊现原始恐龙，阿莱达星兽基地被恐龙凶兽龙始祖入侵。
恐龙凶兽龙始祖入侵的原因和龙源纪的一道镇守令，“龙的密令”遗失相关，只有拿到龙的密令才能恢复力量。阿迪、匹匹龙、卡维力和森美拉作为人质被劫持到龙源纪，关在龙号角岛。情况危急，凯风等人向太古教授求助，但太古教授也不知道龙的密令是什么，大家只得求助于斗龙战士。
卡维力和森美拉被带到龙号角岛、蓝天画和东方末先行赶去营救，对于东方末不顾团体的行为，小熠十分不满。随后，担任队长的小熠和伙伴们也启程前往龙源纪。小熠、凯风、百诺、子耀、狄古穿越时空，召唤升级后的宝贝龙，展开龙源纪冒险之旅。
