25年前,蹂躏世界的巨大生物毫无征兆地现身,人们将这些超越常识的怪物称为“龙”并对其感到恐惧。终于,在人类中也诞生了与龙持有同样力量的人们。人们将这一存在称之为“D”。世界上唯一一名男性的“D”——物部悠被送往密得加尔。那里是“D”少女们被隔离的岛屿。与“D”少女伊莉丝的邂逅、及与妹妹深月重逢的悠,在那里开始与少女们一同度过学园生活。“我是物部悠。在下不才,还请多多指教。”
密得加尔响起了警戒等级C的紧急警报。名为“白”之利维坦的龙正在向岛逼近。初次见到龙的“D”之少女的龙纹会变色,最终将化身为龙。龙突破了密得加尔的防卫机构,并不断逼近。悠不得不在浮现龙纹的少女面前作出决断。是要将龙化的少女处理掉,还是要与逼近的龙对决。“我要把伊莉丝——杀掉。”
密得加尔的“D”之少女们与“白”之利维坦展开战斗。利维坦所产生的斥力场——万有斥力可以不受一切攻击伤害。此时,悠与潜入密得加尔的特殊部队展开对决。制止了岛上混乱的悠,回想起了三年前击退龙时的记忆。面对不断逼近的利维坦,他所秘藏的力量终于觉醒。那是被称为“法夫纳”的力量。“我需要比那个时候更加强大的力量!”